Rozkład jazdy pociągów, który wejdzie w życie 9 grudnia, bazuje na aktualnej ofercie handlowej. Zachowana zostanie zasadnicza siatka połączeń, zmianie natomiast ulegną godziny odjazdów i przyjazdów pociągów na części linii kolejowych co jest m.in. pochodną zmiany cykli kursowania pociągów wyższych kategorii (dalekobieżnych) a także prowadzonymi pracami torowymi. Zaplanowana praca eksploatacyjna w nowym rozkładzie zwiększy się z obecnych 16,5 mln do 16,8 mln pociągokilometrów. Znacznej poprawie ulegnie siatka połączeń lotniskowych, które będą realizowane cyklicznie (z drobnymi wyjątkami) co godzinę na odcinku Modlin – Warszawa Centralna – Warszawa Lotnisko Chopina. Pomimo prac modernizacyjnych i znacznych utrudnień na linii nr 1 na odcinku Warszawa – Skierniewice, utrzymana w godzinach szczytu będzie częstotliwość kursowania pociągów Kolei Mazowieckich co 10-15 minut.

Opracowując nowy rozkład jazdy udało się wprowadzić zmiany będące odpowiedzią na sugestie podróżnych. Oto niektóre z nich:

•  pociąg kursujący z Warszawy do Siedlec po godzinie 7:00 (nr 8027) będzie kursował również w weekendy. Dodatkowo w Siedlcach został skomunikowany z pociągiem do Łukowa,

•  popołudniowy pociąg z Sierpca do Kutna, który do tej pory kursował tylko w niedziele i święta, będzie kursował również w soboty,

•  na linii Radom – Dęblin zaplanowano pociąg, który zapewni uczniom dogodny dojazd do szkół w Pionkach (Dęblin 7:11 – Pionki 7:41),

Ponadto, w rozkładzie jazdy edycji 2012/2013 będzie kontynuowana komunikacja autobusowa na odcinku stacja kolejowa Modlin – Międzynarodowy Port Lotniczy Warszawa/Modlin. Rozkład jazdy autobusów zostanie dopasowany do rozkładu jazdy pociągów na linii kolejowej nr 9 (Warszawa – Działdowo), a także będzie uwzględniał rozkład lotów.

W związku z prowadzonymi przez zarządcę infrastruktury kolejowej PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. licznymi pracami modernizacyjnymi, wprowadzany będzie tzw. zastępczy (zamknięciowy) rozkład jazdy pociągów, powodujący utrudnienia w ruchu pociągów uruchamianych przez Spółkę Koleje Mazowieckie. Pierwszy rozkład zastępczy będzie obowiązywał w okresie od 09.12.2012 r. do 09.02.2013 r., na następujących liniach:

•  linia nr 1 Warszawa – Łódź, kontynuacja modernizacji na odcinku Grodzisk Mazowiecki – Skierniewice,

•  linia nr 9 Warszawa – Działdowo – Gdynia, kontynuacja modernizacji głównie na odcinku Ciechanów – Działdowo.

Na pozostałych liniach mogą wystąpić krótkotrwałe zmiany związane z bieżącymi pracami utrzymaniowymi.