30 grudnia 2004 roku pomiędzy Samorządem Województwa Mazowieckiego a spółką została podpisana umowa dotycząca organizowania i finansowana regionalnych kolejowych przewozów pasażerskich na terenie województwa mazowieckiego. Pierwsze pociągi Kolei Mazowieckich wyjechały na szlaki 1 stycznia 2005 roku. Jednak celem było pełne skomunalizowanie spółki. Stało się to faktem 8 stycznia 2008 roku. Przejęcie przez samorząd województwa 100 proc. udziałów w Kolejach Mazowieckich, usprawniło zarządzanie i rozpoczęło okres dużych inwestycji taborowych. 

– Z perspektywy czasu muszę powiedzieć, że była to decyzja słuszna. Oczywiście, mieliśmy pewne wątpliwości, ale jak się okazało przy dużych, a nawet bardzo dużych nakładach finansowych i determinacji Koleje Mazowieckie stały się liderem na torach. Dziś, po 15 latach trudno już sobie przypomnieć w jak fatalnym stanie były przejęte przez nas składy. Jednak najważniejsze, że udało się nam usprawnić komunikację na Mazowszu i przekonać mieszkańców do podróżowania koleją – mówi Adam Struzik, marszałek województwa mazowieckiego. – Pamiętajmy jednak, że Koleje Mazowieckie to nie tylko coraz nowocześniejszy i wygodniejszy tabor. To także ludzie, którzy od 15 lat pracują w spółce. Dla wielu z nich nie jest to tylko praca, a przede wszystkim pasja – dodaje marszałek.

Park taborowy KM jest stale unowocześniany dzięki zakupom nowych pojazdów oraz modernizacji posiadanych elektrycznych zespołów trakcyjnych. W 2005 r. spółka rozpoczynała działalność, dysponując 184 wysłużonymi elektrycznymi zespołami trakcyjnymi. Dziś ma 316 sztuki różnego rodzaju taboru, z czego 119 to zupełnie nowe pojazdy. W sumie koszt zakupu nowych pojazdów wyniósł ponad 1 mld zł, a inwestycje w modernizacje posiadanych elektrycznych zespołów trakcyjnych 704 mln zł. 

Rozwój KM to nie tylko olbrzymie inwestycje w tabor. Udało się m.in.: reaktywować zawieszone przez „PKP Przewozy Regionalne” połączenia, wprowadzić własną taryfę przewozową, która umożliwiła elastyczne kształtowanie ofert, opracować ofertę „Wspólny bilet KM ZTM i WKD” czy wprowadzić nowe kanały sprzedaży biletów. Koleje Mazowieckie inwestują także w szkolenia swoich pracowników. Udało się stworzyć własny ośrodek szkoleniowy z nowoczesnym symulatorem jazdy. To właśnie tu kształci się młodzież na stanowiska maszynisty oraz kierownika pociągu. 

Efektem inwestycji w rozwój kolei na Mazowszu jest stale rosnąca liczba pasażerów Kolei Mazowieckich W 2005 roku pierwszego samorządowego przewoźnika kolejowego wybrało blisko 40 milionów pasażerów, a w 2018 roku spółka przewiozła blisko 60 milionów osób. 

- Przez 15 lat udało się osiągnąć dużo, ale nie zwalniamy tempa i jesteśmy w trakcie realizacji największej w historii polskiej kolei inwestycji w tabor – zakupu 71 ezt FLIRT najnowszej generacji. Prezentacja pierwszego pojazdu odbędzie się na Targach Trako 2019, 24 września. Ponadto pracujemy nad rozbudową zapleczy do utrzymania taboru. Jesteśmy na etapie końcowym realizacji projektu „Rumobil” dla wszystkich linii, które obsługujemy, co oznacza, że już wkrótce każdy pasażer będzie mógł za pomocą aplikacji sprawdzić gdzie znajduje się jego pociąg – mówi Robert Stępień, prezes zarządu Kolei Mazowieckich.